Biological Data Analysis and Visualization with Cytoscape

Cytoscape Tutorial Session 1 at UT-KBRIN Bioinformatics Summit 2014 (4/11/2014) from Keiichiro Ono

Âm lịch

Some useful features never used frequently in Emacs

Some useful features never used frequently in Emacs. This post includes these features for you.

[01] Reload or refresh a current file reading
If you are configuring your emacs via editing .emacs file, it should use this feature to refresh a reading file without closing and reopening it. This means that we want to keep Emacs running and to reload the files opening. Currently, I have found two ways:
The 1st way: C-x C-v Return/Enter
The 2nd way: M-x revert-buffer

[02] Set the underscore ("_") is as a part of word
You recognize the underscore not to be a part of words in Emacs. By double-clicking on the words containing underscores, you never choose whole word because the underscore is not considered as a part of word. That also shows at moving the cursor word by word. More especially, Emacs gives a incorrect result in counting the number of words in a selected region. For instance, Emacs will give 4 in the text "Agv Tgdh_p ATP".

We change Emacs by adding the line: (modify-syntax-entry ?_ "w") into .emacs configuration file.

Kile

Kile and Long Lines similar to https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/kile/+bug/997004

Working with Windows Boot Loader in Windows 7

If google just the keywords "Windows Boot Loader", you will get so many results so that you don't know which should be chosen. I met the problem with Windows Boot Loader after installing EasyBCD.  As described in a recent post, I wanted GRUB2 to manage boot menu of dual boot system. Although I had installed EasyBCD in Windows 7 to manage both, it didn't recognize Ubuntu's partition.

After fixing GRUB2 successfully, I removed EasyBCD out Windows 7. However, at the moment the boot menu displayed, I chose Windows 7 and Windows boot loader still existed to request me choosing more (because EasyBCD was managing Windows boot loader). Thus an idea emerged in my mind to edit or customize Windows Boot Loader. I found a good solution and shared it for somebody.

The utility I had ever used is Visual BCD Editor. You should read carefully guides on the website before conducting experiments. Actually this tool is very easy to use. The other way to see the list of the bootable partitions is the command bcdedit

Below are some useful links I thought good for you to use for fixing your system.

1. Modifying the Windows 7 boot loader with the Boot Configuration Data Editor tool
2. Windows 7 - Dual Boot - Change OS Name in Windows Boot Manager
3. How to Dual Boot Windows 7 and Linux using BCDEdit
4. Windows 7 - Adding Ubuntu to the boot manager

How to fix GRUB2: customize boot menu

GRUB2 is an upgraded version of GRUB. It has a lot of improvements such as scripting support including conditional statements and functions, dynamic module loading, rescue mode, etc. GRUB2 is the default boot loader and manager since Ubuntu version 9.0 (Karmic Koala).

Here I concretely present how to customize boot menu of GRUB2. First we can edit the file /etc/default/grub. The parameters can be studied from the link as I have just mentioned above. Then we run the command update-grub to update the file /boot/default/grub.cfg
I think that the solution of this issue is not really hard if we understand mechanism and structure of boot manager.

See more details from the following links:

1. http://www.webupd8.org/2009/12/how-to-recover-grub2-linux.html
2. http://www.webupd8.org/2011/02/live-cd-to-fix-restore-grub-and-grub2.html
3. Which partition to install boot loader on?

Synchronize MySQL databases between Ubuntu and Windows

Solution 1:  Unify the folder data of XAMPP on Ubuntu and Windows. Both of the operating systems point to the same folder. See more details in the following post:
http://stackoverflow.com/questions/4638981/is-it-possible-to-use-the-same-mysql-database-for-windows-xampp-and-linux-mysql/14368403#14368403

Solution 2:  Install a mini Linux distribution such as Slitaz, Alpine, etc.  that plays a role of a dedicated server. Of course, it will operate like a virtual server using VMWare or Oracle VirtualBox. After that, we set up MySQL server into this server. In the case of using SQL Server, Windows XP is a suitable choose. But we must face to the problem of copyright as well as license. See more details in the following link:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=776077

Solution 3: Run a portable XAMPP on USB or External HD. The problem is that how can we do the same version.

Synchronize data on computers installed more operating systems

This article posted in 2008 but it's till been employed useful in many cases of our life.
http://lifehacker.com/348858/use-a-single-data-store-when-dual-booting

Nowadays browsers Google Chrome and FireFox equiped this feature helps users to synchronize   history, extensions, apps and bookmarks without taking into account other utilities.

Solve "BOOTMGR is missing" error in Windows

Unfortunately, my laptop was not enable to access Windows 7 after merging two partitions in Ubuntu. This was beginning to annoy me a little bit. Although I had have a little bit of worry, I just thought the problem to be repaired in a few of minutes. In contrast, I spent a lot of time to google and find the right way to resolve this problem. I stick here the useful links to some ones have to face this error.

Normally, we immediately think that there are some tools running in Ubuntu for us to diagnose troubleshootings. For instances, it is ntfsprogs. However, this medicine is not enough robust to treat the issue.

I can summarise three essential commands to repair "BOOTMGR is missing" as following:
Step1: Find the way to retrieve the command line of repairing mode in Windows using DVD source or Hiren Boot CD
Step 2: Type three commands in that order

bootrec /FixMbr
bootrec /FixBoot
bootrec /RebuildBcd

References:
http://answers.microsoft.com/thread/8bb148bc-8035-4847-9696-888f7a0a9720
http://www.sevenforums.com/tutorials/104341-bootmgr-missing-fix.html
http://www.sevenforums.com/tutorials/668-system-recovery-options.html
http://www.techsupportalert.com/content/how-fix-bootmgr-missing-error-vista-and-windows-7.htm

Tập hợp các trình soạn thảo tài liệu TEX

Đi tìm nhiều nơi rồi tập hợp ở đây để tiện theo dõi

Phần mềm	Windows	Linux
Kile		x
Texmaker	x	x
TexNicCenter	x
texstudio	x	x
Gedit		x

Muốn làm một quyển sổ nháp trực tuyến

Tôi thường hay viết nhăng viết cuội lên giấy nháp rồi để một đống bên cạnh, khi cần lật lại xem những từ mới tiếng anh đã học, hoặc các từ tiếng Pháp vừa tra, cũng như các con số, con chữ xuất hiện trong đầu hàng ngày. Nghĩ đi nghĩ lại nếu mình viết ra những ý tưởng đó và có cách nào để tìm lại nhanh nhất thì hay. Hoặc ít ra cũng không phải ôm đống giấy nháp này về sau khi xong sự nghiệp đèn sách. Nhưng bản chất giấy nháp vẫn là giấy nháp: viết lung lung, viết búa xua những ý tưởng có thể lúc này là dở hơi nhưng vài ngày nhìn lại cũng thấy hay hay. Và cũng có thể ban đầu nghĩ rằng ý tưởng đó hay hay nhưng sau 1 thời gian tung tăng đâu đó trên web thì phát hiện ra đã có người làm rồi.
Từ những thứ vụn vặt đó, tôi cũng đã mày mò và tìm ra cái mình cần. Ít nhất cũng giải quyết cho mong muốn của mình. Cái suy nghĩ làm ra một Online Draft Paper cũng có thể chưa thực hiện được nhưng đã có cái sử dụng trước mắt:

Dùng Quick Note - Một ứng dụng của trình duyệt Chrome có thể đồng bộ hóa với các Notes trên diigo.

Ngoài ra, google một lát ra được một đống:

1. http://www.mynitor.com/2010/12/12/15-note-taking-applications-for-linux/
2. http://mashable.com/2008/08/19/online-note-taking-applications/
3. http://lifehacker.com/5837191/five-best-note-taking-applications

P/S: Cái tôi cần của một Draft là ghi theo ngày, mỗi ngày lật một trang để noter.

Run .deb in Ubuntu

To install package called package.deb type the following command:
Go to directory where package.deb is kept. For example if it is in /tmp directory:
$ cd /tmpType the following command:
$ sudo dpkg -i package.deb

Sửa master boot record cho Ubuntu

Link này
https://help.ubuntu.com/community/Boot-Repair

Chỉnh hướng trang in trong Latex

In đứng (portrait) là ngầm định trong latex. Đôi khi, chúng ta muốn chuyển hướng in ngang (toàn bộ/một trang) tài liệu thì việc biết cách chỉnh thật sự có cần thiết. Ví dụ bạn cần đưa một hình hoặc bảng với khổ quá lớn, đành phải chuyển trang đó sang in ngang để có thể chứa toàn bộ nội dung của hình (bảng).

http://texblog.wordpress.com/2007/11/10/landscape-in-latex/

Cài Ubuntu từ USB

Hiện nay, việc sử dụng các máy tính không cần thiết phải có ổ đĩa quang (CD/DVD) vì sự ra đời của các chuẩn nén ảnh dữ liệu như ISO, NRG... Chỉ cần tải file nguồn chương trình ISO, nạp vào một ổ đĩa CD ảo do một chương trình tạo các ổ đĩa ảo như UltraISO, bạn tha hồ khám phá mà không quan tâm đến các ổ đĩa quang truyền thống.
Cùng chung mục đích đó, bài này tôi muốn giữ lại cách thức tạo một đĩa USB để cài đặt Ubuntu từ nó.
1. Chương trình:

• Tạo đĩa từ Windows: Xem  http://www.linuxliveusb.com/en/home
• Tạo đĩa từ Ubuntu: Chạy chương trình Creator Startup Disk

2. Boot từ đĩa USB: Máy Dell, Acer thì nhấn F12 xuất hiện menu chọn đĩa khởi động trước. Tính năng này cần được enable trong BIOS để cho phép nhấn F12 xuất hiện menu.

jBar Plugin, the jQuery call to action bar : Todd Motto: Front-End Web Developer

jBar Plugin, the jQuery call to action bar : Todd Motto: Front-End Web Developer

Sử dụng lênh find trong Ubuntu

Tìm hoài thấy cái này hay nên tạm để đây, sẽ dành thời gian viết một bài tổng hợp sau :)
http://www.codecoffee.com/tipsforlinux/articles/21.html

Đơn giản bạn muốn tìm những file có chứa từ 'Klamt' trong thư mục hiện hành, dùng lệnh:
find -name '*Klamt*'

Mã hóa md5

Cách đây mấy hôm, tình cờ tôi vào khu vực quản trị của một website nhưng quên bén password của anh admin. Loay hoay hoài mà không cách nào nhớ. Có một đứa em nó bảo là sửa lại password đó trong database bằng cách copy một password (cũng mã hóa bằng md5) ở một database khác. Tuy nhiên, cách này hên xui mới dính chưởng.

Thế là tôi mò mẫm dò tìm hỏi han bác google thì có được câu trả lời ở đây: http://md5.gromweb.com/. Thường thì chương trình kiểu này chỉ cho kết quả gần đúng, nhưng nó hay có kết quả lặp nên tôi cũng có thể đoán được những password hay đặt cho những tài khoản ứng dụng.

Cách dùng thì cực kỳ đơn giản: copy dòng password mã hóa loằng ngoằng trong database và paste vào ô văn bản trong trang chủ trên. Chưa đầy 1s đã cho một số kết quả. HAY!

Đọc các chuẩn file dành cho ebooks - Reading various file types for ebooks

How to read various file types in Ubuntu

People feel worried when they face many kinds of files in their computer. For instance, in order to open pdf file, we can use Adobe Reader or Foxit Reader. If you are using Ubuntu, it is recommended using evince to be useful.

In this post, I want to exhibit several common types we often meet.

DjVu:
Cài đặt: sudo apt-get install djview4

The above command can be run at a terminal to install DjView

Acrobat Reader
Là một bộ đọc tài liệu ebook ra đời gần như trước tiên của hãng Adobe, Acrobat có khả năng tùy biến giao diện và cung cấp những chức năng khá uyển chuyển cho người đọc. Những bạn nào hay đọc tài liệu khoa học, các bài báo mà có nhiều tham khảo, khi bạn muốn di chuyển đến trang tài liệu tham khảo và sau đó muốn quay nhanh lại vị trí đã đọc trước đó thì chỉ cần nhấn tổ hợp phím Alt + ---> (right arrow) hoặc Alt + <----  (left arrow). Đây là tính năng hay dùng mà bản thân evince không cung cấp.

Evince
Một phần mềm đọc ebook phổ biến nhất trong Ubuntu

Foxit Reader

Một vài mẹo vặt với Latex

Đổi một trang từ portrait sang landscape
Trong quá trình chèn các bảng biểu, đôi khi nó quá khổ của một trang đứng (portrait) là định dạng ngầm định khi làm việc với Latex. Khi đó, bạn muốn chuyển trang chứa bạn sang trang nằm ngang (landscape).     Câu lệnh rất đơn giản:
\begin{landscape}
%Để nội dung ở đây, một \begin{table}\end{table} chẳng hạn
\end{landscape}

Xoay hình hoặc bảng
Chẳng hạn, tình huống bảng biểu của chúng ta nếu để đứng thì quá khổ, nhưng nếu xoay 180 độ thì nó nằm dọc với trang giấy. Khi đó, bạn dùng gói rotating và sử dụng lệnh sau:
\begin{sidewaystalbe}
\begin{tabular}
\end{tabular}
\end{sidewaystalbe}